Økologisk Landsforening og Danmarks Naturfredningsforening er vores opdragsgivere og stiftere af Fonden, I datterselskabet Dansk Økojord a/s er der syv bestyrelsesmedlemmer. Økologisk Landsforening udnævner to medlemmer, Danmarks Naturfredningsforening udnævner et medlem, og disse tre medlemmer udnævner ved simpelt stemmeflertal yderligere to personer, som begge er uafhængige af stifterne.
Både Fond og selskab har ansat en direktør til varetagelse af Fondens virke og daglige drift.